Ali al-Marri bị di chuyển qua New York với các cáo giác về gian lận thẻ tín dụng và khai gian với thám tử Cục Điều tra Liên bang, không về tội khủng bố. Cùng thời gian ấy, em của đương sự là Jaralla al-Marri bị bắt ở Afghanistan, bị nghi có liên lạc với Taliban hay al-Qaeda. Jaralla bị giam hơn 6 năm ở Guantanamo, không bị truy tố và đã được trả tự do.[2]

Qua tháng 6 năm 2003, Ali al-Marri không bị truy tố các tội gian lận, mà bị chính phủ Bush coi là "chiến binh địch", chuyển giao cho tòa quân sự đặc biệt. Từ hơn một năm qua, Ali al-Marri không thể tiếp xúc với luật sư hay vợ con. Hồ sơ tòa án ghi rằng Ali có gặp Bin Laden trong mùa hè 2001 và được phái trở lại Hoa Kỳ để yểm trợ các không tặc tấn công tại Hoa Kỳ ngày 11-9.[3]

Trong lúc bị giam tại Nam Carolina, đương sự bị thẩm vấn theo cách mà luật sư mô tả là tra tấn. Theo lời luật sư, Ali mong được xét xử tại tòa dân sự và hồi hương. Naji nói Ali tiếc thời gian không được nuôi dạy con cái, đứa 8 tuổi lúc này đã trở thành một thiếu niên 16 tuổi, chẳng có gì có thể đền bù.